Kaşe/
İmza 1. HEDEFE YÖNELİK KLİNİK EKZOM GEN PANELİ TEKNİK
ŞARTNAMESİ
Uygulanan testlerin tamamı
panelde mevcut gen bölgelerinin genom’dan pulldown ile yoğunlaştırılması sonucu
paired-end sekanslama yöntemi ile sekanslanmalıdır.
Panelde mevcut genlerin tüm
ekzonları sekanslanabilmelidir.
Paneldeki genlerin tüm
ekzonları sekanslanırken amplikon sekansı kullanılmamalıdır. Ekzonlar pulldown
için dizayn edilmis işaretli probelarla genomdan yoğunlaştırılarak
çekilmelidir.
Çalışma için 50 ng DNA
miktarı yeterli olmalıdır.
Sekanslama sonrası elde
edilen veriler Q30 skoru değeri üzerinde olmalıdır.
Örneklerden sekans
kütüphanesi oluşturulurken mekanik parçalama, fragmentlerin seçimi, fragment
ortalama uzunluğunun okunması, yüklenecek DNA kütüphanesinin miktarının
belirlenmesi için kantifikasyon yapılması gibi araştırma amaçlı kullanıma
yönelik işlemlerin hiçbirisinin yapılmasına gerek olmaksızın sekans kütüphanesi
hazırlanmalıdır.
DNA’nin ekstrakte edilerek
elde edilmesini takiben ilgili gen panelindeki ekzonların yoğunlaştırılması,
sekans kütüphanesinin hazırlanması ve sekanslama süresi de dahil olmak üzere 3
günden fazla olmamalıdır.
Klinik ekzom paneli fenotip
ile ilişkili, klinik olarak bilinen 4813 farklı gendeki bütün ekzonların tamamı
sekanslanmalıdır. Toplamda 62.000 ekonu ,12 MB'lık bölgeyi 125000 prob ile sekanslamalıdır.
Panel içerisinde hasta
örneklerinin işaretlenmesi için gerekli indeks primerleri verilmelidir.
Kütüphane 1-3 farklı hasta
için seçimli olarak hazırlanabilmelidir.
Sekanslama 2x150 bp
uzunluğunda ve sentezlerken sekanslama prensibi ile yapılmalıdır.
2. YENİ NESİL SEKANS ORTA ÇIKTI REAKTİF KİTİ TENKİK ŞARTNAMESİ
Kit içerisinde; sekans işlemi
için gerekli olan tek kullanımlık akış hücresi, kümeleme ve sıralama
reaktifleri içeren reaktif kartuşu, tamponlar ve yıkama çözeltileri içeren
tampon kartuşu ve hibridizasyon tamponu içermelidir.
Akış hücresi, reaktif kartuşu
ve tampon kartuşunda doğru sarf malzemesi takibi için RFID (Radyo frekansı ile
tanımlama) özelliği bulunmalıdır.
2 x150 okuma sayısında sekanslama
yaparak 39 Gb veri vermelidir.
Veri kalitesinin %75 den
fazlası Q30 kalite skorlamasının üzerinde olmalıdır
Hazırlanmış sekans
kütüphanesinin cihaza yüklenmesi kit içerisinden çıkan reaktif kartuş
üzerindeki tek bir kuyu aracılığı ile gerçekleşmelidir.
Reaktif kitinin tamamlanması
26 saatte tamamlanmalıdır.
Tek yönlü 130 milyon çift
yönlü 260 milyon okuma yapmalıdır.
3.YENİ NESİL SEKANS KÜÇÜK ÇIKTI REAKTİF KİTİ TEKNİK
ŞARTNAMESİ
Kit içerisinde; sekans işlemi
için gerekli olan tek kullanımlık akış hücresi, kümeleme ve sıralama
reaktifleri içeren reaktif kartuşu, yıkama çözeltileri içeren PR2 şişesi
içermelidir.
Akış hücresi, reaktif kartuşu
ve PR2 şişesinde doğru sarf malzemesi takibi için RFID (Radyo frekansı ile
tanımlama) özelliği bulunmalıdır.
Sekanslama işleminde 325 döngüye
kadar reaktif sağlamalıdır.
2 x150 okuma sayısında sekanslama
yaparak 4.5 Gb veri vermelidir.
Veri kalitesinin %75 den
fazlası Q30 kalite skorlamasının üzerinde olmalıdır.
Hazırlanmış sekans
kütüphanesinin cihaza yüklenmesi kit içerisinden çıkan reaktif kartuş
üzerindeki tek bir kuyu aracılığı ile gerçekleşmelidir.
Reaktif kitinin tamamlanması
24 saatte tamamlanmalıdır.
Tek yönlü 15 milyon çift
yönlü 30 milyon okuma yapmalıdır.
|